駱尚志、劉雄率四萬大軍從湖州府攻入南直隸，一舉攻下廣德州，北上進攻應府。陳大虎、劉慶也率四萬大軍分別攻下池州府、寧國府，陳大虎率兩萬余大軍、民兵在東海海軍第二編隊第三艦隊游擊薛長風配合下渡江進攻安慶府。
劉慶率兩萬余大軍及招募的民兵、收編的降軍攻入太平府，沿江東下與從應府北上的駱尚志大軍合兵攻下太平府城當涂後再次兵分兩路，劉慶率三萬大軍直奔南京城殺去，駱尚志棄明歸漢多少有些愧疚之心，因此不願領兵攻打南京，同劉雄率四萬大軍渡江北上進攻廬州府。
王安海率海軍編隊沿大江西進，接連攻取崇明、海門、通州、江陰、靖江、泰腥沿江各州縣所，直奔鎮江府殺來，宋河宋江父子接到漢王陳瀚旨意，忙組織起漕行武裝五千余人迅速控制揚州府至淮安府運河一帶，接應漢軍。
駐守鎮江府城外的林宏接到軍令後忙率兩千余漢軍及組建的民兵配合沿江殺來的海軍編隊迅速控制鎮江府城丹徒，王安海隨即出兵沿江西進負責統領各路大軍攻打南京城。
吳炎正率兩千漢軍及組建的三千民兵駐守在廬州府霍山縣參與明軍圍剿逃進大別山中的王自簡一伙白蓮教殘余，吳炎接到軍令後忙率五千大軍南下協助陳大虎攻打安慶府。
陳大虎在薛長風率海軍艦隊配合下一舉攻下安慶府城，隨即與南下的吳炎五千大軍匯合後橫掃安慶府，沿大江北岸東下接連攻下廬州府廬江、無為州，橫掃和州，直奔應府江北江浦縣殺來。
駱尚志、劉雄率四萬漢軍渡江攻下巢縣，兵臨廬州府城合肥，廬州知府顧汝學、合肥知縣鄧光祚組織城中軍民三千余戎抗，遭到漢軍火炮猛轟城門城牆，漢軍一舉攻破廬州城南南薰門、德勝門，攻佔廬州城，廬州知府顧汝學、知縣鄧光祚向駱尚志請降。
王自簡趁亂殺出大別山大肆劫掠一番，遭到駱尚志率兩萬步騎兵追殺，于霍山縣斬殺王自簡，俘獲兩千余白蓮教亂賊，交由軍諜司、監察院監官甄別後處置，駱尚志隨即率兵攻取淮南各州縣，完成軍務院制定的初期戰略目標。
林勇率一千余漢軍駐守甦州府城北平門外虎丘，前兩廣總督凌雲翼縱容族人橫行鄉里，甚至在江南大運河上私設關卡收稅，與漕行一度發生武裝沖突，林勇派兵阻止雙方擴大沖突後遭到凌雲翼記恨，沒少給林勇使絆子。
林勇接到軍令後率一千余大軍及招募組建的五千驍勇善戰民兵突襲進攻平門，一舉攻入甦州城，三百余漕行武裝也積極配合林勇從城南盤門攻入甦州府，迅速攻佔甦州府城，林勇親自帶兵抓捕禍亂甦州的稅使孫隆。
甦州城內外的百姓、織工、染工、桑農紛紛響應漢軍懲奸除惡，迅速包圍稅署，狂扔亂石擊斃孫隆的爪牙黃彥節，助紂為虐的湯莘、丁元復等甦州土豪劣紳的住宅也被包圍，林勇派兵逮捕孫隆、湯莘、丁元復等作惡多端爪牙土豪劣紳，查封其家產沒收充公，將其中部分錢財退還甦州百姓，漢軍獲得甦州百姓衷心支持。
林勇控制甦州府城後與從松江府北上殺來的何崇奇大軍匯合，出兵攻取昆山、太倉州、嘉定、常熟，抓捕前兩廣總督凌雲翼及其為禍鄉里作惡多賭族人，沒收家產充公，罪大惡極者被斬首示眾，以平民憤。
何崇奇隨即率兵北上在漕行武裝配合下一舉攻下常州府，何崇奇、林勇、林宏、張洋等漢軍將領在江南各府縣組織民兵、鄉勇抓捕作惡多賭達官貴族、土豪劣紳，抄沒其家產，分發不少錢財糧食給貧苦百姓，退還其侵佔百姓田產，同時嚴懲貪官污吏。
漢軍控制下的江南各省紛紛掀起打倒達官貴族、土豪劣紳、嚴懲貪官污吏浪潮，劣跡斑斑的江南各省達官貴族土豪劣紳們紛紛遭到清算，家產被充公沒收，大肆兼並侵佔的田產被退還原主，重審冤假錯案。
漢軍將士在江南各省查封作惡多賭土豪劣紳家產沒收充公征集了巨大錢財及不少糧食，部分用于賑濟分發給貧民，大部分都由戶司統一清點充公。
陸啟航率東海海軍第二編隊南下洞庭湖，配合陳寅順江而下攻打長沙府，長沙知府夏應星面對漢軍南北兩路夾攻，長沙府即將成為孤城，忙組織起長沙軍民一萬余人守城，吉王朱翊鑾也派出王府衛隊參與守城。
長沙城沿湘水而建，東城牆有吳門和瀏陽門，南邊只有一座正南門，西邊城門最多，由南向北分別有德潤門、臨湘門、草場門、通貨門，北邊是湘春門和新開門。
長沙府是大明藩王封置最多，先後有潭王朱梓、谷王朱禙、襄憲王朱瞻��後徙藩襄陽、吉簡王朱見浚及其子孫，藩王雖對明王朝在長沙府乃至湖湘地區的統治起到一定穩定作用，但也極大地加重了長沙百姓的負擔。
先後就藩長沙府的明朝藩王歲祿、王莊田地都劃分在長沙府，王府的各種供支、勞役都加派到長沙百姓頭上，明廷財政拮據，以長沙土地廣闊、出產谷粟，加派荊蘄州、遼荊州、榮常德、楚武昌、岷武岡等五王府的祿米和襄王府襄陽柴薪，共值白銀8萬多兩。
沉重的負擔讓長沙百姓苦不堪言，不少長沙地方官員也深有怨氣，疾呼道︰“宗藩日盛，長沙之民不勝其苦矣！”
漢軍大舉北伐南北兩路夾攻長沙府，夏雷、夏應星父子先後出任長沙知府，在長沙府素有民望，因此能很快組織起萬余軍民守城，但漢軍北伐檄文的出現讓守城軍民也開始心生動搖。
陸啟航率東海海軍第二編隊平底戰船三十余艘沿湘水順風逆流航行，直抵長沙城北湘春門外，發炮猛轟守城軍民，守城軍民頓時死傷慘重，長沙百姓本就對大明朝廷、藩王加派的各種苛捐雜稅不滿，遭到漢軍炮轟死傷不輕後紛紛趁亂而逃。
陳寅也在城南正南門發炮進攻，一舉轟破正南門外的甕城，隨即再次發炮猛轟城內城門，正南門城門也被轟開，兩萬漢軍將士、民兵扛著攻城梯、船、木板搭起浮橋，蜂擁沖殺攻城，一舉攻上城牆，迅速攻入長沙城，守城長沙軍民紛紛跪地請降。
漢軍迅速控制長沙城，俘獲長沙知府夏應星等一眾長沙文武，圍攻吉王府，吉王朱翊鑾率吉王藩宗室投降，陳寅下令沒收吉王藩所有錢財土地、王莊，拿出部分錢財糧食賑濟貧苦百姓，獲得長沙百姓踴躍支持，
林江率十二萬西路大軍、民兵攻下寶慶府城邵陽後出兵西進，攻入辰州府及靖州，分兵控制辰州府、靖州，直奔湖廣巡撫郭惟賢駐守的沅州殺來，湖廣巡撫郭惟賢早已接到漢軍大舉攻入湖廣的軍情，忙派人趕往播州前線向總理張位稟報。
面對漢軍西路大軍猶如神兵降般突然攻打到辰州府沅州，湖廣巡撫郭惟賢嚇得慌忙率所部萬余軍民丟棄大量輜重逃往貴州境內躲避，不少服徭役的湖廣民夫紛紛逃散，或投奔漢軍。
林江輕易攻取沅州後迅速出兵攻下銅仁府、思州府，兵鋒直抵貴州巡撫江東之鎮守的鎮遠府，繳獲明軍從湖廣運來的大量糧草輜重。林江下令西路大軍停止繼續進攻，鞏固攻下的各府州縣，抽調將士接應隨後運送輜重趕來的民兵、鄉勇，為迎戰明軍反攻做好準備。
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